Introduktion

Formål

Formålet med dette dokument er at beskrive systemarkitekturen for NXRG.

Læsevejledning

Nærværende dokument er tiltænkt udviklere og IT-arkitekter med interesse i NXRG og dens opbygning.

Definitioner og referencer

Overblik over NXRG

I det følgende gives et overblik over NXRG. Først beskrives NXRG i forhold til dennes samarbejdende services og interne arkitektur (modulopdeling etc.)

Efterfølgende beskrives og begrundes den underliggende datamodel.

Løsningsoverblik

I nedenstående dokument vises overblik over NXRG. Diagrammet viser både løsningens snitflader og eksterne services, som denne samarbejder med. Derudover vises den NXRGs intern lagdelte opbygning (herunder specificering af ansvarsfordelingen i de forskellige lag i applikation).

Samarbejdende services

NXRG samarbejder med følgende komponenter i NSP infrastrukturen:

• Dokumentdelingsservice : DDS anvender den af NXRG udbudte ITI-18 snitflade til at udføre søgninger efter data registreret i NXRG.
• OpenXDS Repository: OpenXDS Repository opbevarer de konkrete dokumenter, der registreres på NSP XDS. OpenXDS anvender NXRGs udbudte ITI-42 snitflade for at få indexeret det metadata, som følger med de konkrete dokumentregistreringer.
• DROS: DROS udbyder registrerings- og opdaterings snitflader ud mod anvendersystemerne. DROS proxy'er kald af ITI-42, ITI-57 og ITI-61 videre til NXRG på de udbudte snitflader.
• Driftsskeduleret oprydning (RegJob): Da dokumentregistreringer kun skal leve i NXRG i begrænset tid (de konkrete regler for opbevaring besluttes af de tilsluttede projekter), skal driften have mulighed for at rydde op (slette) gamle dokumentregistreringer, som ikke længere skal opbevares i NXRG. Der udbydes snitflader til oprydning af NXRG.

NXRG er opbygge i en lagdelt arkitektur. I ovenstående diagram er pakkenavne specificeret og giver en kobling til den konkrete sourcekode, der realiserer NXRG (se i øvrigt NXRG - Guide til Udviklere).

Snitflader

De udbudte snitflader er realiseret som SOAP webservices (dk.nsp.nxrg.ws). ITI-XX snitfladerne er specificeret i IHE XDS revision 17 fra juli 2020.

Se følgende:

• ITI TF-1: IHE IT Infrastructure Technical Framework Volume 1 (ITI TF-1) Integration Profiles (Revision 17.0 – Final Text)
• ITI TF-2a: IHE IT Infrastructure Technical Framework Volume 2a (ITI TF-2a) Transactions Part A (Revision 17.0 – Final Text)
• ITI TF-2b: IHE IT Infrastructure Technical Framework Volume 2b (ITI TF-2b) Transactions Part B (Revision 17.0 – Final Text)
• ITI TF-3: IHE IT Infrastructure Technical Framework Volume 3 (ITI TF-3) Cross-Transaction Specifications and Content Specifications (Revision 17.0 – Final Text)
• IHE IT Infrastructure Technical Framework Supplement XDS Metadata Update Rev. 1.11 – Trial Implementation July 12, 2019

Til at realisere disse ITI-XX snitflader anvendes tredjeparts biblioteker fra IPF Open eHealth Integration Platform til implementations- og hjælpeklasser (herunder mapning af XML baseret model til domænemodel).

Forretningslag

Forretningsregler i relation til de udbudte ITI-XX services er implementeret udfra specifikationen af IHE XDS (dk.nsp.nxrg.service). For ITI-18 er det besluttet ikke at understøtte samtlige querytyper, der fremgår af specifikationen, men at nøjes med følende:

• FindDocuments
• FindDocumentsByReferenceId

Kald af ITI-18 med andre querytyper vil resultere i en fejlkode fra NXRG (se NXRG - Guide til Anvendere).

Validering af forespørgler

Forespørgsler valideres efter reglerne beskrevet i IHE XDS specifikationen. Mere præcist udføres validering som beskrevet i følgende afsnit:

• ITI-18: ??? (endnu ikke implementeret)
• ITI-42: Afsnit 3.42.4 (Se ITI TF-2b).
• ITI-57: ??? (endnu ikke implementeret)
• ITI-61: ??? (endnu ikke implementeret)

Sammenligning af patientId'er

Ved validering af forespørgsler skal der sammenlignes patientId'er. Ifølge specifikationen skal denne sammenligning tage højde for sammensmeltning af patientId'er (This comparison shall take into consideration patient identity merges as described in ITI TF-2a: 3.8.4.2.4.). I NXRG er det antaget, at denne form for sammensmeltning ikke forekommer, og sammenligning af patientId'er er derfor implementeret ved simpel strengsammenligning.

Databaselag

NXRG har behov for at persistere data i en database. NXRGs datamodel er realiseret udfra følgende principper:

• Muligt at udvide med nye querytyper, hvis dette skulle ønskes senere
• Muligt at implementere en passende migreringsstrategi for data i det gamle NSP XDS Registry uden tab eller forvansking af data

For en detaljeret beskrivelse af databasemodellen se afsnittet nedenfor.

Afvigelser fra IHE XDS standarden

I forhold til NXRG, så er det ikke hele IHE XDS specifikationen, der implementeres. I de følgende afsnit dokumenteres evt. fravalg og beslutninger ved de enkelte services.

ITI-18: Registry Stored Query

I forhold til fremsøgning, så er det besluttet, at følgende query typer skal understøttes:

• FindDocuments
• FindDocumentsByReferenceId

ITI-57: Update Document Set

Specifikationen beskriver i afsnit "3.57.4.1.3.4 Patient ID Reconciliation", hvordan det skal håndteres, hvis patient-id opdateres som en del af et kald til ITI-57. I forhold til NXRG, så har vi valgt, at denne ikke skal understøtte dette, hvorfor et forsøg på ITI-57 kald, hvor patient id opdateres vil resultere i en fejl til anvenderen.

Patient ID Reconciliation vil resultere i øget kompleksitet i NXRG, og anvendere vil kunne opnå det samme ved f.eks. at deprecate eksisterende data på en patient, og dernæst oprette data på en anden.

Derudover vil anvendelsen af NXRGs ITI-57 service ikke foregå direkte men via DROS - Guide til anvendere. I forhold til auditlogning og diverse tjek, så er de fleste NSP anvender services tænkt til en brug, hvor der er netop én patient i kontekst ad gangen.

Vi vurderer, at skift af patient ID vil skabe øget unødvendig kompleksitet i de anvenderrettede services.

Databasemodel

Følgende overblik viser, hvorledes datamodellen i NXGR er opbygget. Datamodellen er opbygget med udgangspunkt i følgende overordnede principper:

1. Understøtte MVP: NXRG er startet som et Minimal Viable Product med intentionen om senere at kunne skifte til et andet mere modent produkt. Dette betyder, at modellen ikke skal være mere kompliceret, end højst nødvendigt.
2. Kunne understøtte udvidelser af NXRG: Selvom kravene (MVP) fra starten er begrænsede, så giver det mening at overveje, at det skal være muligt at udvide NXRG f.eks. med flere ITI-18 query typer. Datamodellen skal i denne sammenhæng være robust over for denne slags ændringer (dvs det skal være velforstået, hvad sådanne udvidelser betyder i forhold til databasemodellen).
3. Understøtte migrering: Da en væsentlig del af MVP indeholder migrering af data fra OpenText Registry til NXRG, så skal databasemodellen være lavet på en måde, således at migreringen er understøttet.
4. Driftsvenlig: Det skal være muligt for driften at foretage opgaver i forbindelse med support og drift (f.eks. oprydningsjob)

I det følgende beskriver vi datamodellen for NXRG og beskriver, hvorledes ovenstående principper er respekteret. Datamodellen præsenteres først i overbliksform i nedenstående E/R-diagram, og de enkelte tabeller beskrives derefter.

Hver entitet i diagrammet svarer til en tabel. 

De vigtigste entiteter er Association, DocumentEntry, Folder og SubmissionSet, som er NXRG's repræsentation af de tilsvarende begreber fra IHE-specifikationen. I det følgende kaldes disse fire tabeller for objekttabeller. En række i en objekttabel svarer til et tilsvarende objekt, f.eks. svarer en række i Association-tabellen til et Association-objekt, en række i DocumentEntry-tabellen til et DocumentEntry-objekt, osv. Disse tabeller indeholder de attributter som der er brug for, for at NXRG kan realisere sine snitflader. Tabellerne er dog ikke fulstændige modeller af de objekter, de repræsenterer, da det er ganske omfattende at udarbejde og vedligeholde en sådan datamodel. De fulde objekter gemmes i stedet som xml i en tilhørende *Content-tabel (i det følgende kaldet en indholdstabel).

Objekttabellerne indeholder de attributter der er nødvendige for at understøtte søgning gennem ITI18-snitfladen, samt for at tjekke forretningsregler i ITI42-, ITI57- og ITI61-snitfladerne. Indholdstabellerne indeholder selve objekterne i et xml-format, der er nemt at parse og serialisere, men besværligt at søge i.

Association

AssociationContent

Author (documententry_author)

Code (documententry_eventcode og documententry_confidentialitycode)

DocumentEntryContent

DocumentEntries

Folder

FolderContent

ReferenceId (documententry_referenceid)

SubmissionSet

SubmissionSetContent

Migrering

Migrering af data fra OpenText Registry til NXRG skal sikre, at al data, der ligger i OpenText Registry overføres til NXRG på en måde, så data bevares: Det vil sige, at de data, der kan udsøges gennem NXRGs snitflader svarer 1:1 til det data, der kan udsøges gennem OpenText Registrys snitflader.

Den interne datarepræsentation vil ændre sig fra OpenText Registry til NXRG, men det logiske data skal bevares.

Valg af migreringsstrategi

Der har i forbindelsen med migreringen været arbejdet med nedenstående diagram for at komme frem til en migreringsstrategi.

Diagrammet viser de forskellige niveauer, som data kan eksporteres henholdsvis importeres på. De forskellige muligheder er blevet diskuteret på workshops, og fravalg og tilvalg er dokumenteret på diagrammet.

Konklusionen på analysearbejdet er således, at:

1. Data eksporteres fra OpenText Registry på xDB niveau: Driften kan trække en liste over alle objekter i xDB og hvornår disse senest er ændret. Listen kan anvendes til at lave eksport af de (ændrede) objekter til en relationel database (MariaDB).
2. Data importeres i NXRG fra kommandolinje tool: Importen af data skal operere på den relationelle migreringsdatabase, som blev nævnt under eksport. Ved at køre et kommandolinje tool er det muligt at transformere data i migreringsdatabasen til SQL scripts under hensyntagen til NXRGs datamodel. Disse scripts kan derefter (bulk) indlæses i NXRGs database (også MariaDB)

Der har været et ønske om at kunne lave løbende (delta)migreringer af OpenText data til NXRG. Dette ønske bunder i, at der i produktion i dag er ca 11 mio XDS objekter (submissionsets med associations samt document entries) i OpenText Registry databasen.

Selv med et effektitivt migreringstool, så vil det tage tid (< 5 dage) at migrere al data. Hvis en migreringsstrategi kræver et servicevindue, så vil dokumentdeling på NSP være utilgængeligt i flere dage, hvilket er blevet vurderet til problematisk.

Da driften kan trække liste over nye/opdaterede data i OpenText Registry (se pkt 1 ovenfor) er det muligt at lave en trinvis migrering. Dette betyder yderligere, at det bliver muligt at komme i gang med migreringen på et tidligere tidspunkt (da det kan foretages uden at der skal meldes servicevinduer ud).

Migreringsprocessen er markeret med blå i diagrammet ovenfor. Det er tanken at bevare Migreringsdatabasen efterfølgende som en backup for OpenText Registry data. Når licensen udløber for xDB databasen, så vil migreringsdatabasen være masterdata (i tilfælde af, at man skulle opdage fejl i import til NXRG efterfølgende).

Der skal laves verifikation af migreringsprocessen - både en kvantitativ verifikation og en kvalitativ verifikation. Denne del af processen er beskrevet nedenfor.

Tabelformat for migreringsdata

Dataene fra OpenText registry'et i en MariaDB-database, som deles mellem eksport- og import-jobbet. Databasen indeholder to tabeller, contents og status. Tabellernes indhold beskrives nedenfor. Man kan hente et eksempel-datasæt på .

Contents

Status

XML-format

OpenText registry'et eksporterer sine data i et xml-format, som der ind til videre ikke er tilvejebragt noget schema for. Nedenfor kan man se et eksempel på et submissionset og et tilhørende document i dette format.

<?xml version="1.0"?>
<submissionSet id="urn:uuid:255d0bef-db11-482d-b2bd-dca0053d8045">
  <xds:submissionSet xmlns:xds="http://www.openehealth.org/ipf/xds">
    <entryUuid>urn:uuid:255d0bef-db11-482d-b2bd-dca0053d8045</entryUuid>
    <logicalUuid>urn:uuid:255d0bef-db11-482d-b2bd-dca0053d8045</logicalUuid>
    <version>
      <versionName>1</versionName>
    </version>
    <uniqueId>7020798514690154282.7024117544796833076.1568187071790</uniqueId>
    <patientId extension="2606481234" root="1.2.208.176.1.2"/>
    <availabilityStatus>Approved</availabilityStatus>
    <title language="en-US">769a1dbf-2c73-4cca-98b9-9c045231f309</title>
    <limitedMetadata>false</limitedMetadata>
    <sourceId>7020798514690154282.7024117544796833076.1568187071790</sourceId>
    <submissionTime>2013-02-17T08:15:00Z</submissionTime>
    <author>
      <authorPerson>
        <id/>
        <name>
          <given>M</given>
          <family>Madsen</family>
        </name>
      </authorPerson>
      <authorInstitution>
        <idNumber>77668685</idNumber>
        <assigningAuthority universalId="1.2.208.176.1.2" universalIdType="ISO"/>
        <name>Odense Universitetshospital, Odense</name>
      </authorInstitution>
    </author>
    <contentTypeCode code="NscContentType" codeSystemName="urn:uuid:aa543740-bdda-424e-8c96-df4873be8500" displayName="NscContentType"/>
  </xds:submissionSet>
  <xds:associations xmlns:xds="http://www.openehealth.org/ipf/xds">
    <xds:association>
      <entryUuid>urn:uuid:1b1d1134-c1d9-4a88-add6-3d580aadfed7</entryUuid>
      <sourceUuid>urn:uuid:255d0bef-db11-482d-b2bd-dca0053d8045</sourceUuid>
      <targetUuid>urn:uuid:5e6ac9ef-4633-46ea-96b1-786a948e7bb6</targetUuid>
      <associationType>HasMember</associationType>
      <label>Original</label>
      <originalStatus>Approved</originalStatus>
      <newStatus>Approved</newStatus>
      <availabilityStatus>Approved</availabilityStatus>
    </xds:association>
  </xds:associations>
</submissionSet>

<?xml version="1.0"?>
<document id="urn:uuid:da51d7ce-1a18-48ca-ba5f-03b0be78b906">
  <xds:documentEntry xmlns:xds="http://www.openehealth.org/ipf/xds">
    <entryUuid>urn:uuid:da51d7ce-1a18-48ca-ba5f-03b0be78b906</entryUuid>
    <logicalUuid>urn:uuid:da51d7ce-1a18-48ca-ba5f-03b0be78b906</logicalUuid>
    <version>
      <versionName>1</versionName>
    </version>
    <uniqueId>437f8b60-9563-11e3-a5e2-0800200c7020^1.2.208.184</uniqueId>
    <patientId extension="2606481234" root="1.2.208.176.1.2"/>
    <availabilityStatus>Approved</availabilityStatus>
    <title language="en-US">Hjemmemonitorering for 2606481234</title>
    <limitedMetadata>false</limitedMetadata>
    <sourcePatientId extension="2606481234" root="1.2.208.176.1.2"/>
    <sourcePatientInfo>
      <name>
        <given>Janus</given>
        <family>Berggren</family>
      </name>
      <gender>M</gender>
      <birthTime>1948-06-26T00:00:00Z</birthTime>
    </sourcePatientInfo>
    <creationTime>2013-02-17T08:15:00Z</creationTime>
    <author>
      <authorPerson>
        <id/>
        <name>
          <given>M</given>
          <family>Madsen</family>
        </name>
      </authorPerson>
      <authorInstitution>
        <idNumber>77668685</idNumber>
        <assigningAuthority universalId="1.2.208.176.1.2" universalIdType="ISO"/>
        <name>Odense Universitetshospital, Odense</name>
      </authorInstitution>
    </author>
    <legalAuthenticator>
      <id/>
      <name>
        <given>Lars</given>
        <family>Olsen</family>
      </name>
    </legalAuthenticator>
    <serviceStartTime>2013-02-11T08:11:00Z</serviceStartTime>
    <serviceStopTime>2013-02-16T10:14:00Z</serviceStopTime>
    <classCode code="001" codeSystemName="1.2.208.184.100.9" displayName="Clinical report"/>
    <confidentialityCode code="N" codeSystemName="2.16.840.1.113883.5.25" displayName="N"/>
    <eventCode code="NPU03011" codeSystemName="1.2.208.176.2.1" displayName="O2 sat.;Hb(aB)"/>
    <eventCode code="MCS88016" codeSystemName="1.2.208.184.100.8" displayName="FVC"/>
    <formatCode code="urn:ad:dk:medcom:appointmentsummary:full" codeSystemName="1.2.208.184.100.10" displayName="DK Appointment Summary Document schema"/>
    <healthcareFacilityTypeCode code="550621000005101" codeSystemName="2.16.840.1.113883.6.96" displayName="hjemmesygepleje"/>
    <languageCode>da-DK</languageCode>
    <practiceSettingCode code="419192003" codeSystemName="2.16.840.1.113883.6.96" displayName="intern medicin"/>
    <typeCode code="53576-5" codeSystemName="2.16.840.1.113883.6.1" displayName="Personal Health Monitoring Report"/>
    <repositoryUniqueId>1.2.208.176.43210.8.10.11</repositoryUniqueId>
    <mimeType>text/xml</mimeType>
    <size>27302</size>
    <hash>da39a3ee5e6b4b0d3255bfef95601890afd80709</hash>
    <type>stable</type>
  </xds:documentEntry>
</document>

Overordnet struktur

Migreringen består af to faser:

1. Overførsel af data fra opentext-databasen SQL scripts.

2. Indlæsning af SQL scripts i nxrg-databasen.

Denne stuktur er valgt af følgende grunde:

 - Mulighed for at få den endelige indlæsning til at køre hurtigt.

 - Mulighed for håndtering af deltaer: Hvis f.eks. et allerede konverteret DocumentEntry bliver deprecated, så skal migreringen kunne håndtere dette.

Fase 1 er implementeret som en java kommandolinje-applikation. Fase 2 består af indlæsning af genererede scripts i navngivne rækkefølge.

Findinds i løbet af migreringsprocessen

uniqueIds er ikke unikke på SubmissionSets fra opentext-databasen

Det er blevet fundet, at der optræder dubletter i uniqueid på submissionsets i data trukket ud fra test1 (se detaljer på ). Der er blevet indført en ekstra kolonne i datamodellen for submissionsets (migration_uniqueid_fix), som giver følgende egenskaber:

• Tillader migrering af ikke unikke unique-ids for submissionsets
• Fortsat kræver at submissionsets modtaget gennem ITI-42, ITI-57 og ITI-62 har et unikt unique id.

Det er ikke helt klart, om de sammenfaldende id'er er en egenskab, som udelukkende begrænser sig til testsystemet. Følgende SQL kan fremfinde de række, hvor der er problemer med ikke-unikke uniqueids:

select * from submissionsets where migration_uniqueid_fix > 0;

Hvis problemet ikke eksisterer i test, så kan kolonnen 'migration_uniqueid_fix' fjernes efterfølgende (de testdata på testsystemerne, der giver problemer kan så enten slettes eller id'et kan opdateres til noget andet).

Fase 1

Migreringen fra OpenText til staging-databasen foregår ved at behandle hver række i status-tabellen i opentext-databasen, og gøre følgende:

1. Validere at xml-strukturen ser ud som forventet.
2. Parse xml-strukturen, og mappe den til objekter i Openehealth core-modellen.
3. Serialisere objekterne, og persistere dem sammen emd søgbare felter. Til dette formål genbruges datalaget fra NXRG.

Fejl logges til migreringsloggen til senere analyse. Efter endt behandling skrives til DocImportState-feltet i opentext-databasen, om behandlingen lykkedes eller ej.

Fase 2

Overførslen af data fra staging-databasen til nxrg-databasen foregår ved brug af select into/load data-metoden, som er beskrevet i mariadb-dokumentationen: https://mariadb.com/kb/en/how-to-quickly-insert-data-into-mariadb/.

Verifikation af migreringen

TODO