Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.
Comment: Migration of unmigrated content due to installation of a new plugin
Navitabs
rootLaboratoriesvarservice (SXA) - Leverancebeskrivelse
includeroottrue


Anchor
_Toc40578283
_Toc40578283

Svareksponeringsservice XDS-adaptere
Guide til Udviklere

Anchor
_Toc292960798
_Toc292960798
Anchor
_Toc327798371
_Toc327798371
Anchor
_Toc277248668
_Toc277248668
Anchor
_Toc44403513
_Toc44403513
Indh
Anchor
_GoBack
_GoBack
old

1 Introduktion
1.1 Formål
1.2 Læsevejledning
1.3 Dokumenthistorik
1.4 Definitioner og referencer
2 Opsætning af udviklingsmiljø
2.1 Krav til software
2.2 Tilpasning af miljø
2.3 Bygge War filen
2.4 Deployering til WildFly
2.5 Afvikling af integrationstests mod WildFly
2.6 Samtidig deployering og afvikling af integrationstests
3 Deployment på WildFly
3.1 Udviklers workstation
4 Beskrivelse af systemdesign
5 Beskrivelse af kildekodens strukturering og design
5.1 Kode-strukturering
5.2 Generelt design af Svareksponeringsservice XDS-adaptere
5.3 Svareksponeringsservice XDS Registry Adapter
5.4 Svareksponeringsservice XDS Repository Adapter
6 Beskrivelse af test-setup
6.1 Unittests (JUnit)
6.2 Integrationstests (Failsafe)
6.2.1 Krævet test setup
6.2.2 Afvikling af integrationstests
6.3 Code coverage
6.3.1 Code coverage for unittests
6.3.2 Code coverage for unittests og integrationstests

  1. Anchor
    _Toc327542696
    _Toc327542696

Anchor
_Ref327298774
_Ref327298774
Anchor
_Toc327543151
_Toc327543151
Anchor
_Toc462245082
_Toc462245082
Introduktion

Anchor
_Toc316542421
_Toc316542421
Anchor
_Ref317083052
_Ref317083052
Anchor
_Toc327543152
_Toc327543152
Svareksponeringsservice-dokumentdeling består af to Java-baserede webservices og Svareksponeringsservice XDS Registry Adapter og Svareksponeringsservice XDS Repository Adapter. Ved konfiguration af Dokumentdelingsservices (DDS) på National Service Platform (NSP) kan anvendere af DDS lave opslag og udtræk af laboratoriesvarsdokumenter udstillet med Svareksponeringsservice-dokumentdelingens webservices.

Anchor
_Toc462245083
_Toc462245083
Formål

Formålet med dette dokument er at beskrive opsætning og anvendelse af et udviklingsmiljø til videreudvikling af Svareksponeringsservice XDS-adapterne. Herunder hvordan koden bygges, deployeres og testes.

Anchor
_Toc317839916
_Toc317839916
Anchor
_Toc327543154
_Toc327543154
Anchor
_Toc44403516
_Toc44403516
Anchor
_Toc239132517
_Toc239132517
Anchor
_Toc243720169
_Toc243720169
Anchor
_Toc316542422
_Toc316542422
Anchor
_Toc462245084
_Toc462245084
Læsevejledning

Læser forventes at have kendskab til Java softwareudvikling med anvendelse af Maven og WildFly applikationsserver.
Hvor der i teksten er angivet <component base> refereres til topniveaufolderen for kildekoden for komponenten.
I afsnit 2 beskrives de softwaremæssige krav, der er til miljøet, samt hvordan kode bygges. I afsnit 3 beskrives deployment-miljøet, mens beskrivelse af design fremgår af afsnit 4.
Kodestrukturen, kodemæssige afhængigheder til tredjepartsmoduler og de forskellige servicemodulers ansvar og design beskrives i afsnit 5.
Testdesign findes i afsnit 6.

Anchor
_Toc317831244
_Toc317831244
Anchor
_Toc317839917
_Toc317839917
Anchor
_Toc327543155
_Toc327543155
Anchor
_Toc462245085
_Toc462245085
Dokumenthistorik

Version

Dato

Ansvarlig

Beskrivelse

0.9

24.08.2016

Systematic

Første udgave

1.0

13.08.2016

Systematic

Klar til release

Anchor
_Toc327543156
_Toc327543156
Anchor
_Toc462245086
_Toc462245086
Definitioner og referencer

Definition

Beskrivelse

DGWS

Den Gode WebService 1.0.1

NSI

National Sundheds-IT

NSP

Den nationale service platform (inden for sundheds-IT)

SXA

Svareksponeringsservice XDS-adaptere

XDS

Cross-Enterprise Document Sharing

Alias

Beskrivelse

Anchor
arkitektur
arkitektur
Design og Arkitektur

Svareksponeringsservice XDS-adaptere – Design og Arkitektur, (SSE/11734/SDD/0014)

Anchor
installationsvejl
installationsvejl
Installations-vejledning

Installationsvejledning Svareksponeringsservice XDS-adaptere, (SSE/11734/INS/0011)

Anchor
Konfiguration
Konfiguration
Konfiguration

Konfiguration af Svareksponeringsservice XDS-adaptere, (SSE/11734/NOT/0056)

Anchor
_Toc305606312
_Toc305606312
Anchor
_Ref327298659
_Ref327298659
Anchor
_Toc327543158
_Toc327543158
Anchor
_Toc462245087
_Toc462245087
Opsætning af udviklingsmiljø

I det følgende antages at koden er hentet ned fra softwarebørsen el.lign.

Anchor
_Toc327543159
_Toc327543159
Anchor
_Toc462245088
_Toc462245088
Krav til software

Wiki Markup
Krav til applikationsserveren og operativsystemet er de samme som til produktionsmiljøet. De specifikke krav kan ses i \[Installationsvejledning\] afsnit 2.
Derudover er der en række krav til de anvendte udviklingsværktøjer:

  • Maven 3.0.3 eller højere anvendes.
  • Wiki Markup
    WildFly (se \[Installationsvejledning\])

Anchor
_Toc305606313
_Toc305606313
Anchor
_Toc327543160
_Toc327543160
Anchor
_Toc462245089
_Toc462245089
Tilpasning af miljø

Ved deployering vha. Maven-scripts og kørsel af integrationstests beskrevet i det efterfølgende gøres brug af property-filer, der beskriver placering af WildFly og endpoints for eksterne systemer mm.
Disse property-filer ligger i:

  • <component base>/environment.properties
  • <component base>/integrationtest/src/test/resources/testclient.properties


Disse kan kopieres og tilpasses til aktuelt miljø. Efterfølgende Maven-kommandoer gør brug af de tilpassede property-filer gennem argumenterne:
-Denvironment-property-file=<sti til tilpasset environment.properties>
-Dtestclient-property-file=<sti til tilpasset testclient.properties>
Er disse argumenter ikke anført benytter Maven-scripts de oprindelige property-filer.

Anchor
_Toc462245090
_Toc462245090
Bygge War filen

Gennemfør følgende steps for at bygge komponenterne til Svareksponeringsservice XDS-adaptere.

  1. For at bygge projektet uden deployering til WildFly eller kørsel af integrationstest foretages følgende kommando fra <component base>:


mvn clean install \
-Denvironment-property-file=<sti til tilpasset environment.properties>

Anchor
_Toc462245091
_Toc462245091
Deployering til WildFly

For at etablere og deployere properties til WildFly foretages følgende kommando fra <component base>:
mvn install –Pdeploy-ds-appserver \
-Denvironment-property-file=<sti til tilpasset environment.properties>
Bemærk, at dette afstedkommer deployering til WildFly, herunder at:

  1. Property-filer deployeres til WildFly (hvilket kræver skriverettighed i default/conf)


For at deployere war og ear filer til WildFly foretages følgende kommando fra <component base>:
mvn install –Pdeploy-to-appserver \
-Denvironment-property-file=<sti til tilpasset environment.properties>
Bemærk, at dette afstedkommer deployering til WildFly, herunder at:

  1. Service-filer deployeres til WildFly (hvilket kræver skriverettighed i Wildfly/standalone/deployments)

Anchor
_Toc462245092
_Toc462245092
Afvikling af integrationstests mod WildFly

Wiki Markup
For at afvikle integrationstests mod den deployerede instans på WildFly udføres kommandoen:
mvn verify –Pexternal-test \
-Dtestclient-property-file={_}<sti til tilpasset testclient.properties>_
<ac:structured-macro ac:name="anchor" ac:schema-version="1" ac:macro-id="c775b123-2ddc-47bd-a869-357f1f05cea1"><ac:parameter ac:name="">_Toc305606314</ac:parameter></ac:structured-macro>Bemærk, at afvikling af integrationstests kræver, at Dokumentdelingsservicen er deployeret (med sine afhængigheder) og konfigureret til at anvende Svareksponeringsservice XDS-adapterne, som beskrevet i \[Konfiguration\].

Anchor
_Toc462245093
_Toc462245093
Samtidig deployering og afvikling af integrationstests

For at lette afvikling af integrationstests ifm. udvikling, kan deployering af war/ears til WildFly og afvikling af integrationstests udføres med kommandoen:
mvn install -Ddev \
-Denvironment-property-file=<sti til tilpasset environment.properties> -Dtestclient-property-file=<sti til tilpasset testclient.properties>

Anchor
_Toc305606315
_Toc305606315
Anchor
_Ref327298694
_Ref327298694
Anchor
_Toc327543162
_Toc327543162
Anchor
_Toc462245094
_Toc462245094
Deployment på WildFly

Wiki Markup
Der henvises til installationsvejledningen \[Installationsvejledning\] for nærmere instrukser. 

Anchor
_Toc327543163
_Toc327543163
Anchor
_Toc462245095
_Toc462245095
Udviklers workstation

Når man udvikler kan det være praktisk at foretage deploy til en lokal WildFly.

Anchor
_Toc305606316
_Toc305606316
Anchor
_Toc327543165
_Toc327543165
Anchor
_Ref416360341
_Ref416360341
Anchor
_Toc462245096
_Toc462245096
Beskrivelse af systemdesign

Wiki Markup
<ac:structured-macro ac:name="anchor" ac:schema-version="1" ac:macro-id="aeda00bf-034c-401d-b0aa-34e1c03c42ec"><ac:parameter ac:name="">_Toc305606317</ac:parameter></ac:structured-macro>Det overordnede design for Svareksponeringsservice XDS-adapterne er beskrevet i \[Design og Arkitektur\].

Anchor
_Ref327298792
_Ref327298792
Anchor
_Toc327543166
_Toc327543166
Anchor
_Toc462245097
_Toc462245097
Beskrivelse af kildekodens strukturering og design

Anchor
_Toc327543167
_Toc327543167
Anchor
_Toc462245098
_Toc462245098
Kode-strukturering

Koden for Svareksponeringsservice XDS-adapterne er samlet i et Maven-projekt kaldet SXA.

Anchor
_Toc305606318
_Toc305606318
SXA-projektet er delt i følgende moduler:

  • xdswrappers/documentmetadataprovider – modul der indeholder de java-komponenter, der fremfinder dokumentmetadata og reagerer på søgeparametre givet ved forespørgsel på dokumentmetadata.
  • xdswrapper/documentmetadataprovider-war – modul der står for indpakingen af documentmetadataprovider i en war fil.
  • xdswrapper/documentprovider – modul der indeholder de java-komponenter, der fremfinder dokumenter og reagerer på søgeparametre givet ved forespørgsel på dokumenter.
  • xdswrapper/documentprovider-war – modul der står for indpakingen af documentprovider i en war fil.

Der er afhængigheder til forskellige Maven-artefakter, hvoraf følgende er skabt i regi af NSI:

  • documentsharing/* – moduler der indeholder abstraktioner over IHE XDS dokumentmetadata, forespørgsel og indhentning af dokumenter.
  • hsuid/ - modul der indeholder implementering af OIO attributter til identifikation af sundhedsfaglige personer, der er fælles for webservicekomponenter, der anvender DGWS
  • dgws/consumer - modul der indeholder implementering af DGWS consumer funktionalitet, der anvendes af komponenter der anvender DGWS i rollen som web service consumer.
  • dds/client-types – moduler der indeholder IHE wsdl og xsd filer for "Registry Stored Query Transaction", samt JAXB-generede typer fra disse filer.

Anchor
_Toc327543168
_Toc327543168
Anchor
_Toc462245099
_Toc462245099
Generelt design af Svareksponeringsservice XDS-adaptere

De to Java-webservices Svareksponeringsservice XDS Registry Adapter og Svareksponeringsservice XDS Repository Adapter er implementeret ved brug af komponenter fra documentsharing og Dokumentdelingsservices.
JAX-WS er anvendt på baggrund af artefakter fra DDS skabt ved kodegenerering ud fra WSDL-filer og XSD-filer.

Anchor
_Toc462245100
_Toc462245100
Svareksponeringsservice XDS Registry Adapter

Servicen består af en række Maven-moduler, der findes under xdswrappers/:

  • documentmetadataprovider: Indeholder forretningslogik
  • documentmetadataprovider-war: Konfigurerer webservicen og bygger war-filen, der skal deployeres
  • documentmetadataprovider-integrationtest: Indeholder integrationstests af webservicen


Anchor
_Toc462245101
_Toc462245101
Svareksponeringsservice XDS Repository Adapter

Servicen består af en række Maven-moduler, der findes under xdswrappers/:

  • documentprovider: Indeholder forretningslogik
  • documentprovider-war: Konfigurerer webservicen og bygger war-filen, der skal deployeres
  • documentprovider-integrationtest: Indeholder integrationstests af webservicen


Anchor
_Toc305606325
_Toc305606325
Anchor
_Ref327298808
_Ref327298808
Anchor
_Toc327543169
_Toc327543169
Anchor
_Ref417548762
_Ref417548762
Anchor
_Toc462245102
_Toc462245102
Beskrivelse af test-setup

Anchor
_Toc305606326
_Toc305606326
Anchor
_Toc327543170
_Toc327543170
Anchor
_Toc462245103
_Toc462245103
Unittests (JUnit)

JUnit anvendes til implementering af unit tests. Der er kontinuert gennemført unit tests på alle komponenter i projektet.
Unit tests kan afvikles ved at køre:
mvn test

Anchor
_Ref327342192
_Ref327342192
Anchor
_Toc327543171
_Toc327543171
Anchor
_Toc462245104
_Toc462245104
Integrationstests (Failsafe)

Maven Failsafe plugin anvendes til gennemførelse af integrationstests i projektet.

Anchor
_Toc462245105
_Toc462245105
Krævet test setup

Integrationstests forudsætter at Dokumentdelingsservicen (DDS) og dennes afhængigheder er deployeret til WildFly. Desuden kræves at DDS'en er konfigureret til at kende både Svareksponeringsservice XDS Registry Adapter og Svareksponeringsservice XDS Repository Adapter, samt at disses konfigurationer er i overensstemmelse (fx skal samme repositoryUniqueId være anvendt i deres konfigurationer).

Anchor
_Toc462245106
_Toc462245106
Afvikling af integrationstests

Integrationstests kan afvikles ved at køre:
mvn verify –Pexternal-test

Anchor
_Toc434997539
_Toc434997539
Anchor
_Toc435777514
_Toc435777514
Anchor
_Toc327543172
_Toc327543172
Anchor
_Toc333227802
_Toc333227802
Anchor
_Toc462245107
_Toc462245107
Code coverage

Code coverage analyse er foretaget i projektet med anvendelse af Maven Cobertura plugin.

Anchor
_Toc417550117
_Toc417550117
Anchor
_Toc434997540
_Toc434997540
Anchor
_Toc435777515
_Toc435777515
Anchor
_Toc462245108
_Toc462245108
Code coverage for unittests

Code coverage-rapport omfattende alene unittests genereres ved at gennemføre følgende trin:

  1. I kommandoprompt i SXA hovedfolder (folderen med parent pom) udføres:

mvn clean site cobertura:cobertura

  1. Genereret code coverage-rapport kan nu læses i folderen target/site/cobertura

Anchor
_Toc417550118
_Toc417550118
Anchor
_Toc434997541
_Toc434997541
Anchor
_Toc435777516
_Toc435777516
Anchor
_Toc462245109
_Toc462245109
Code coverage for unittests og integrationstests

En samlet code coverage-rapport omfattende både unittests og integrationstests kan genereres ved forberedelse og gennemførsel af trin beskrevet i det efterfølgende.

Anchor
_Toc417550119
_Toc417550119
Forberedelse

Cobertura skal installeres på WildFly og Ant installeres mhp. anvendelse ved fletning af code coverage-rapporter fra unittest og integrationstests.
De anvendte versioner er:

  • Cobertura 2.1.1
  • Ant 1.9.4


Trin:

  1. Cobertura etableres, ved enten:
    1. Download fra fx sourceforge (https://sourceforge.net/projects/cobertura/) og udpakning
    2. Kildekode hentes fra https://github.com/cobertura/cobertura/releases og bygges
  2. Ant installeres
    1. Download fra http://archive.apache.org/dist/ant/binaries/apache-ant-1.9.4-bin.tar.gz
    2. Kopier følgende afhængigheder til Ant's lib folder

      Jar

      Kilde

      asm-5.0.1.jar

      Indeholdende i Cobertura-2.1.1-bin-tar

      asm-analysis-5.0.1.jar

      Indeholdende i Cobertura-2.1.1-bin-tar

      asm-commons-5.0.1.jar

      Indeholdende i Cobertura-2.1.1-bin-tar

      asm-tree-5.0.1.jar

      Indeholdende i Cobertura-2.1.1-bin-tar

      asm-util-5.0.1.jar

      Indeholdende i Cobertura-2.1.1-bin-tar

      cobertura-2.1.1.jar

      Indeholdende i Cobertura-2.1.1-bin-tar

      commons-lang3-3.3.2.jar

      Indeholdende i Cobertura-2.1.1-bin-tar

      oro-2.0.8.jar

      Indeholdende i Cobertura-2.1.1-bin-tar

      slf4j-api-1.7.5.jar

      Indeholdende i Cobertura-2.1.1-bin-tar

      slf4j-log4j12-1.6.4.jar

      Bør være i lokal m2 folder

      log4j-1.2.16.jar

      Bør være i lokal m2 folder

  3. Installation af Cobertura modul på WildFly:
    1. Følgende Cobertura afhængigheder kopieres fra cobertura-2.1.1-bin.tar.gz til <wildfly folder>/modules/net/sourceforge/cobertura/main

      Jar

      Destination

      <arkiv>/cobertura-2.1.1.jar

      <modul-main>/

      <arkiv>/lib/asm-tree-5.0.1.jar

      <modul-main>/lib/

      <arkiv>/lib/asm-commons-5.0.1.jar

      <modul-main>/lib/

      <arkiv>/lib/asm-util-5.0.1.jar

      <modul-main>/lib/

      <arkiv>/lib/asm-analysis-5.0.1.jar

      <modul-main>/lib/

      <arkiv>/lib/oro-2.0.8.jar

      <modul-main>/lib/

    2. En module.xml fil skabes i samme main mappe med følgende indhold:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<module xmlns="urn:jboss:module:1.1" name="net.sourceforge.cobertura">
<resources>
<resource-root path="."/>
<resource-root path="cobertura-2.1.1.jar"/>
<resource-root path="lib/asm-tree-5.0.1.jar"/>
<resource-root path="lib/asm-commons-5.0.1.jar"/>
<resource-root path="lib/asm-util-5.0.1.jar"/>
<resource-root path="lib/asm-analysis-5.0.1.jar"/>
<resource-root path="lib/oro-2.0.8.jar"/>
</resources>
<dependencies>
<module name="asm.asm" />
<module name="javax.servlet.api" />
<module name="org.slf4j" />
</dependencies>
</module>

    1. Default udskrives coveragefilen (cobertura.ser) i <wildfly folder>/bin mappen. Ønskes filen udskrevet til en anden mappe skabes filen cobertura.properties i main mappen med indeholdet:

net.sourceforge.cobertura.datafile=<sti>/cobertura.ser

    1. For at få Cobertura til at skrive coverage af integrationstests, er der to muligheder:

      Metode

      Installation og brug

      coberturaFlush.war servicen

      1. coberturaFlush.war er at finde i Cobertura-2.1.1-bin-tar
  1. Før kopiering til <WildFly>/standalone/deployments skal følgende linje tilføjes til coberturaFlush.war/META-INF/MANIFEST.MF:

    Dependencies: net.sourceforge.cobertura
  2. Efter ændring deployeres coberturaFlush.war og servicen udstiller "<host>/coberturaFlush/flushCobertura". Kald til denne service ved f.eks. Curl får Cobertura til at skrive coverage filen. (Se trin 3.3).|

    Genstart af WildFly

    1. Cobertura skriver automatisk coverage fil ved genstart af WildFly
  3. Denne mulighed kræver følgende ændring i <wildfly folder>/bin/standalone.conf med tilføjelse af:
    JAVA_OPTS="$JAVA_OPTS -Djboss.shutdown.forceHalt=false"|
    Bemærk at når WildFly startes med instrumenteret kode, da startes "optagelse" af code coverage. Ved kald til coberturaFlush servicen skabes et billede af hvordan coverage ser ud nu. Dette billede skrives til <wildfly>/bin/cobertura.ser, hvor filen bliver additivt opdateret, hvis filen findes i forvejen, eller skabes, hvis den ikke findes. "Optagelse" af code coverage bliver først reset ved genstart af WildFly og fjernelse af <wildfly>/bin/cobertura.ser.
    1. Genstart af WildFly

Anchor
_Toc417550120
_Toc417550120
Gennemførelse

Code coverage-rapport omfattende både unittests og integrationstests genereres ved at gennemføre følgende trin:

  1. Kontroller, at wildfly bruger-account kan skrive cobertura.ser filen i output folderen (Standard <wildfly>/bin/cobertura.ser eller bestemmes i cobertura.properties)
  2. Kontroller, at stien til cobertura.ser er korrekt i filen cobertura/src/main/coberturaScripts/cobertura.properties under SXA-projektets hovedfolder.
  3. Coberturas instrumentering af koden sker ved udførsel af følgende i kommandoprompt i SXA-projektets hovedfolder (folderen med parent pom):

mvn clean install -Dcobertura-build \
-Pdeploy-to-appserver \
-Denvironment-property-file=<sti til tilpasset environment.properties>
Bemærk, at argumentet –Pdeploy-to-appserver aktiverer en Maven-profil, der kopierer ear/war-filer til WildFly deployment folder vha. properties. Som alternativ til dette argument kan ear/war-filer deployeres manuelt.

  1. Gen-deployer SXA-projektets services på WildFly
  2. I samme folder udføres integrationstestene ved:

mvn verify –Pexternal-test __
-Denvironment-property-file=<sti til tilpasset environment.properties> \
-Dtestclient-property-file=<sti til tilpasset testclient.properties>

  1. Afslutning af coberturas optagelse gennemføres ved enten:
    1. Shutdown af WildFly, eller
    2. At åbne siden http://<host:port>/coberturaFlush/flushCobertura (fx via curl eller i browser. Bemærk at dette forudsætter at filen coberturaFlush.war blev kopieret og deployeret)
  2. Flet code coverage-rapporter ved i kommandoprompt i SXA hovedfolder at udføre:

cd cobertura/target/coberturaReporting-coberturaReporting
ant –f cobertura.xml create-report

  1. Genereret code coverage-rapport kan nu læses i folderen cobertura/target/coberturaReporting-coberturaReporting/report